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La agencia de noticias Reuters, retomado también por DW Español, advirtió que el Tren Maya no ha cumplido con las expectativas de desarrollo regional ni con el impulso turístico prometido para el sureste del país. En Xpujil, municipio de Calakmul, Campeche, habitantes indicaron que continúan sin acceso regular al agua pese a promesas asociadas a obras vinculadas al proyecto ferroviario, entre ellas el acueducto Adolfo López Mateos-Xpujil, lo que obliga a familias a trasladarse semanalmente a otras comunidades para abastecerse.
Según el análisis señala, que el total de los ingresos del tren solo cubren menos del 13% de sus costos de operación, además de que los 6 hoteles construidos a lo largo de la ruta, registraron niveles de ocupación mensual en promedio de entre 5% y 24%, los recorridos del tren se puede observar que había menos de 40 pasajeros; inicialmente se estimaba una movilidad anual de por lo menos 3 millones de pasajeros, sin embargo actualmente es de 1.2 millones, mientras que el costo del proyecto pasó de 7 mil millones a más de 25 mil millones de dólares, elevándolo a casi cuatro veces el presupuesto inicial.
